В 1989 году в Ленинграде было организовано Государственное малое предприятие «Агротехника», которое проводило работы по изготовлению, монтажу и пусконаладке котельных, не поднадзорных Котлонадзору в Северо-западном регионе, на Севере и в других регионах России. Были введены котельные в Ленинграде на заводе бумагоделательного оборудования и в жилгородке Кировского завода, в совхозе «Андога» Вологодской области, в совхозе «Ахтубинский» в Волгоградской области, в совхозе «Пригородный» Ленинградской области.

В 1992 году на базе ГМП «Агротехника» организовано Товарищество с ограниченной ответственностью «Котлотехника», которое является правопреемником ГМП «Агротехника» по его обязательствам на построенных объектах.

В 1998 году ТОО «ПТП «Котлотехника» было реорганизовано в соответствии с инструкцией администрации в ООО «ПТП «Котлотехника» с сохранением профиля работ.

В 2001 году ООО «НПО Котлотехника» образовано на базе двух предприятий:
СПб ф-ла ОАО «Дорогобужкотломаш» и ООО «ПТП Котлотехника»

В 2005 году ООО «Котлотехника» образовано на базе предприятий ООО «ПТП «Котлотехника» и ООО «НПО Котлотехника».

В 2006 году на базе действующих предприятий ООО «ПТП «Котлотехника», ООО «НПО Котлотехника» и ООО «Котлотехника» организован холдинг совместных компаний «Котлотехника».